Клуб основан в 2000 году. В турнирах команд мастеров участвует с 2003 под названиями: "Цесна" (2003), "Алма-Ата" (с 2004). Цвет формы - красный, запасной - белый. Матчи проводит на стадионе "Центральный" (построен в 1957 году, размеры игрового поля - 105х70 м, вместимость трибун - 26 242 места, пластиковые сиденья).
С 2004 - участник 4 чемпионатов Казахстана в высшем дивизионе: в 126 матчах +39=25-62, мячи 123–157. Лучшее место - 5 (2006), худшее место - 18 (2004). Самая крупная победа - 4:0 ("Семей", Семипалатинск, 2004). Самое крупное поражение - 0:5 ("Тобол", Костанай, 2004 и 2005).
Команда принимала участие в 4 розыгрышах Кубка Казахстана в 12 матчах +7=1-4, мячи 24-18. Самая крупная победа - 5:0 ("Шахтёр-Юность", Караганды, 2006). Самое крупное поражение - 2:5 ("Кайрат", Алматы, 2004).
Президент - ХАМИТЖАНОВ Саян Жаксыгельдиевич (3.12.70), спортивный директор - ГУСЕЙНОВ Низами Муслимович (10.04.61), администратор - СЕЙТ Аскар Азатович (25.04.83), врач - ТОПКИН Григорий Иванович (8.11.46), массажист - БИБИКОВ Сергей Владимирович (17.06.72).
Главный тренер - ЙООР Антониус Корнелиус (31.12.54) c июля 2007 года - ПАЙПЕРС Арнольдус Дик (21.04.59). Уроженец Роттердама (Голландия). В качестве футболиста выступал за клубы "Фейеноорд" и "Папендрехт". Карьера тренера: "Эксельсиор", Голландия (1981–82), "Олимпия", Голландия (1982–87), директор по юношескому футболу ФК "Фейеноорд" и Футбольной ассоциации Голландии (1988–97), гл. тренер юношеской (до 16 лет) сборной Голландии и ассистент гл. тренера олимпийской и национальной сборных Голландии (1997–2000), гл. тренер ФК "Флора" и сборной Эстонии (2000–04), технический менеджер ФК "Утрехт", Голландия (2005). Тренерские достижения: бронзовый призер юношеского (до 16 лет) чемпионата Европы (2000). Трехкратный чемпион Эстонии (2001, 2002, 2003).
Старший тренер - БАБАЯН Григорий Константинович (2.04.80).
Тренер - БАКУЛИН Аркадий Иванович (6.04.63), тренер вратарей - ЧЕКМЕЗОВ Сергей Викторович (10.10.64).
Вратари: №33 - БОГДАН Андриян (гражданство - Россия, родился 27 августа 1976 года, рост - 189 см, вес - 83 кг, пришел из команды "Заря", Украина), №16 - БРАГИН Сергей (4.05.89, 187/73, "Цесна"), №1 - ШАБАНОВ Андрей (17.11.86, 183/78, 13), пришли в ходе сезона: ЛЕУС Павел (Литва, 15.09.78, 195/82, 53).
Сезон 2006 стал пока что самым успешным в недолгой истории команды. К 5 месту в чемпионате "Алма-Ата" добавила победу в Кубке Казахстана. Вот таким был путь к победе:
"Алма-Ата": Павел Леус, Абзал Жумабаев, Евгений Климов, Виктор Ковалёв (Илья Воротников, 104), Александр Киров, Сергей Ларин, Кирилл Шестаков, Андрей Травин, Вадим Боровский (Кирилл Кочкаев, 79), Жафар Ирисметов, Виктор Берко (Сергей Остапенко, 120).